M/F Ph.D. student in bioinformatics

Descrizione

M/F Ph.D. student in bioinformatics Sintesi in italiano (traduzione automatica): L'organizzazione cerca un Dottorando in bioinformatica per il team PEpiTE, che si occupa della caratterizzazione pan-genomica della dinamica degli elementi trasponibili in popolazioni di Arabidopsis. Il progetto di dottorato è finanziato da un grant CNRS 80Prime e si svolgerà presso l'IBENS a Parigi. Il candidato sarà responsabile delle analisi del grafo pan-genomico degli elementi trasponibili utilizzando genomi di A. lyrata e A. halleri. È richiesta una laurea in bioinformatica o un campo correlato. Il dottorando dovrà anche coordinare la diffusione dei risultati in workshop nazionali e internazionali e gestire lo scambio di dati tra i collaboratori. È prevista una supervisione congiunta e incontri regolari con i supervisori. Team PEpiTE (Polyploidy, Epigenetics, and TEs) Pan-genomic characterization of transposable elements dynamics in selfing and outcrossing Arabidopsis populations . The PhD project is part of a CNRS 80Prime grant between the host team and the Castric team in Lille aimed at investigating the impact of mating systems on transposable element landscapes using long-read genomes of A. thaliana, A. lyrata, and A. halleri, including for North-American A. lyrata and Japanese A. halleri strains from natural populations with contrasted mating modes. Following the reconstruction of the population history and loss of self-incompatibility in North-American A. lyrata and Japanese A. halleri, performed by collaborators, the PhD student will be responsible for the pan-genome graph analyses of recently mobile TEs using the long-read A. lyrata and A. halleri genomes. The PhD student will then proceed to analyze TE insertion polymorphisms throughout populations and estimate the effects of the shifts to selfing within and between selfing on TE landscapes. The PhD student will be hosted in Pierre BADUEL's team at IBENS, using the IBENS HPC cluster for all genomic analyses, with co-supervision from Vincent CASTRIC. The PhD student will report on a weekly basis to Pierre BADUEL and organize monthly meetings with both supervisors, one per trimester will be in person (see Budget for Lille/Paris missions). The PhD student will also be in charge of the dissemination of the results at national and international workshops, as well as coordinating data exchange between collaborators: the team of Sylvain GLEMIN for reconstruction of population histories and the TSUCHIMATSU team for the long-read genomes of Japanese A. halleri populations. Annuncio in inglese. Fonte: Euraxess (Commissione europea).