043/BI/2026 - Fellowship for Masters

Descrizione

043/BI/2026 - Fellowship for Masters Sintesi in italiano (traduzione automatica): L'Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier – ITQB NOVA offre una borsa di ricerca per un Master nel progetto 'EvaMobs', finanziato dalla Commissione Europea. Il candidato selezionato sarà responsabile dello sviluppo di protocolli computazionali per ottimizzare i domini di legame all'albumina. Si richiede un Master in Biologia Computazionale o in aree affini, con voti di laurea e master superiori a 13 e 17 rispettivamente. Le mansioni includono l'uso di strumenti avanzati per il design computazionale di proteine, simulazioni di dinamica molecolare e analisi di interazioni proteina-proteina. È necessaria esperienza in programmazione, utilizzo di sistemi operativi Linux e metodi di apprendimento automatico. Il lavoro si svolgerà presso il laboratorio di Protein Modelling dell'ITQB NOVA a Lisbona. Brief description in English: The selected candidate will be responsible for the development and application of computational protocols aimed at optimizing design and optimization of albumin-binding domains (ABDs) with enhanced affinity for human serum albumin. ---------------------------------------------------------------------------- Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier – ITQB NOVA Anúncio para atribuição de uma Bolsa de Mestre no âmbito do projeto EvaMobs GA101137419 Encontra-se aberta candidatura a uma bolsa de investigação para Mestre, no âmbito do projecto intitulado “EvaMobs - Evolvable and rapidly adaptable monobodies: a broad-spectrum antiviral platform”, Ref. 101137419, financiada pela Comissão Europeia, programa pelo HORIZON da Comissão Europeia HORIZON-HLTH-2023-DISEASE-03. Área Científica: Ciências Biológicas - Bioquímica, Bioinformática Formação Académica: Procuramos candidatos com Mestrado em Biologia Computacional ou em áreas afins (como Bioinformática, Biologia, Biomedicina, Biofísica, Química, entre outras), que possuam uma classificação final de licenciatura igual ou superior a 13 valores e de mestrado igual ou superior a 17 valores. Outros requisitos: • Experiência com ferramentas de estado da arte para design computacional de proteínas, incluindo modelos como BoltzGen e ProteinMPNN, bem como ferramentas de previsão estrutural como ESMFold2. • Experiência na aplicação de simulações de dinâmica molecular ao estudo de interações proteína–proteína, em particular interações entre anticorpos e ligandos, recorrendo a ferramentas como o GROMACS, incluindo preparação de sistemas, execução de simulações e análise detalhada de trajetórias. • Conhecimentos aprofundados em métodos de estimativa de energia livre de ligação baseados em mecânica molecular, em particular MM-PBSA. • Experiência em sistemas operativos Linux, programação em Bash e Python, e utilização de Clusters de Computação de Alto Desempenho (HPC). • Familiaridade com ferramentas de visualização e análise estrutural, como PyMOL e ChimeraX, aplicadas a estudos de interação e design racional. • Experiência no trabalho com bases de dados relacionais, nomeadamente usandoSQL. • Experiência em métodos de aprendizagem automática (machine learning). • Estar inscrito ou inscrever-se, até à data do início do contrato, num curso não conferente de grau académico, conforme o Artº 6º do Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Plano de Trabalhos: O plano de trabalhos envolverá o design computacional de domínios de ligação à albumina (ABDs) com afinidade otimizada para a albumina sérica humana. Para esse fim, o bolseiro utilizará ferramentas de design de proteínas de última geração para desenhar bibliotecas diversificadas de ABDs. Serão também realizadas simulações de dinâmica molecular e cálculos de energia livre para avaliar a estabilidade conformacional dos ABDs em complexo com o alvo. Os designs mais promissores serão selecionados para validação experimental em colaboração com os parceiros do projeto. Legislação e regulamentação aplicável: Estatuto do Bolseiro de Investigação Científica, aprovado pela Lei nº 40/2004, de 18 de agosto, alterado e republicado pelo Decreto-Lei nº 202/2012, de 27 de agosto e alterado pelo Decreto-Lei nº 233/2012, de 29 de Outubro e pela Lei nº 12/2013, de 29 de Janeiro e pelo Decreto-Lei n.º 89/2013, de 9 de Julho, e pelo Decreto-Lei nº 123/2019, de 28 de Agosto, e pelo Decreto-Lei nº 65/2024, de 1 de Outubro. Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., em vigor ( https://www.fct.pt/wp-content/uploads/2026/01/RBi_Republicado_2025.pdf ). Local de trabalho: O trabalho será desenvolvido no laboratório Protein Modelling do Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier da Universidade Nova de Lisboa, sob a orientação científica de Diana Lousa e co-orientação de Cláudio M. Soares. Duração da bolsa: A bolsa terá a duração Annuncio in inglese. Fonte: Euraxess (Commissione europea).